Antropologinę kolekciją sudaro kelios atskiros dalys: kremacijos, griautinių palaikų (pagrindinė) kolekcijos dalis, istorinė kaukolių kolekcija ir patologinių atvejų rinkinys.
Griautinių palaikų (pagrindinė) kolekcija. Šią kolekcijos dalį sudaro daugiau negu 9 000 kaukolių ir apie 6 000 postkranijinių skeletų. Nors dauguma palaidojimų yra iš XVI-XVIII a., palaikų chronologija apima laikotarpį nuo mezolito iki XIX a. Ypatingą kolekcijos dalį sudaro Napoleono Didžiosios Armijos karių atrinkti skeleto kaulai bei Imperatoriškos Rusijos armijos karių palaikai. Griautinių palaikų kolekcija yra suskirstyta į keturis chronologinius laikotarpius: akmens amžių, geležies ir bronzos amžių, istorinius laikus, ir naujuosius laikus. Toks skirstymas buvo pasirinktas, atsižvelgus į plačią kai kurių laidojimo paminklų chronologiją.
Kremacijos. Kolekcijoje saugomi kremuoti žmonių palaikai iš 145 archeologinių paminklų. Dauguma jų yra iš V-XII amžių. Visa kremuota medžiaga yra suinventorizuota, atsižvelgiant į archeologų pateiktą informaciją. Dėl palaikų fragmentiškumo susistemintoje duomenų bazėje yra kaupiama informacija tik apie kremuotų palaikų kiekį.
Istorinę kaukolių kolekciją sudaro daugiau kaip 1500 kaukolių iš įvairių Vilniaus miesto ir jo apylinkių kapaviečių. Šios kaukolės surinktos senųjų Stepono Batoro universiteto antropologų XIX a. pabaigoje – XX a. pradžioje. Tai, kad šios kaukolės rinktos selektyviai ir neturi aiškaus archeologinio konteksto, riboja jų panaudojimą populiaciniams tyrimams. Tačiau unikali jų atsiradimo istorija, o taip pat įdomūs patologijų, pvz. sifilio, traumų, trepanacijų, atvejai leidžia ją laikyti neabejotinai vertinga osteologinės kolekcijos dalimi.
Paleopatologinių atvejų kolekcija yra surinkta iš suardytų palaidojimų. Visa medžiaga yra suskirstyta į grupes: nespecifinės infekcijos, traumos, metaboliniai susirgimai ir kita. Tai unikali galimybė studentams ir tyrėjams susipažinti su įvairių patologinių pakitimų kauluose atvejais.
