Galbūt kiek simboliškai, tačiau pirmieji tyrinėti gyvūnų kaulai dabartinės Lietuvos teritorijoje buvo rasti Nidos akmens amžiaus gyvenvietėje – pirmojoje tyrinėtoje akmens amžiaus gyvenvietė dabartinės Lietuvos teritorijoje, o greičiausiai ir visame rytų Baltijos regione. Pirmuosius archeologinius kasinėjimus joje dar 1832 m. vykdė Wilhelmas Ernstas Beerbohmas (Wilhelm Ernst Beerbohm), Karališkasis Kuršių marių žvejybos inspektorius, Klaipėdos miesto burmistras, o kiek vėliau – XIX a. II pusėje – XX a. pr., tęsė kiti vokiečių mokslininkai. Iki I pasaulinio karo pabaigos Nida ir dalis dabartinės Lietuvos vakarinės dalies buvo Prūsijos karalystės dalis, tad tiek Nidos gyvenvietės archeologinius tyrimus, tiek čia surastas augalų ir gyvūnų liekanas analizavo vokiečių mokslininkai. Pirmuosius gyvūnų kaulų tyrimus kitose rytų Baltijos šalyse – Estijoje ir Latvijoje – taip pat atliko vokiečių tyrėjai. Pirmieji Nidoje surastų faunos liekanų tyrimų rezultatai paskelbti 1895 m. Emilio Holako (Emil Hollack), jų duomenimis, gyvenvietėje rasta ne tiktai laukinių, bet ir naminių gyvūnų, taip pat ir gėlavandenių žuvų, kurių tyrimai taip pat buvo atlikti. Gali būti, kad Nidoje rasti galvijų ir avių/ožkų kaulai vis dar yra ankstyviausios naminių gyvulių liekanos dabartinėje Lietuvos teritorijoje. Pagal gyvenvietės radinius jie turėtų būti datuojami vėliausiai 2500 cal BC. Deja, XIX a. pabaigoje tyrinėta zooarcheologinė medžiaga neišliko. Gyvūnų kaulai XX a. pradžioje dėmesnio sulaukė ir rytinėje Lietuvos dalyje, kur vyko nemažai ankstyvųjų piliakalnių tyrimų. Bent viename – Petrešiūnų piliakalnyje buvo surinkti 292 gyvūnų kaulai, jie vėliau ištirti ir 1936 m. paskelbti lenkų tyrėjo Lubomiro Sagano (Lubomir Sagan).
Naujas, itin reikšmingas ir išskirtinai kokybiškas faunos liekanų tyrimų etapas prasidėjo po ilgokos pertraukos ir yra susijęs su Estija, tiksliau zoologu Kalju Paaveriu (Kalju Paaver), kuris XX a. 6 dešimtmetyje atliko įvairių archeologinių vietovių gyvūnų kaulų tyrimus. Nors dauguma jo darbų rezultatų liko nepaskelbtose ataskaitose, tačiau pasirodė ir viena jo bei Prano Kulikausko publikacija apie geležies amžiaus piliakalniuose randamus gyvūnų kaulus, o lietuviškos faunos duomenys įtraukti į fundamentinę, iki šiol itin svarbią Baltijos regiono faunos istorijai jo monografiją. K. Paaveris tyrė tokių svarbių Lietuvos priešistorei ir istorijai paminklų kaip Palangos akmens amžiaus gyvenvietės, Nemenčinės, Punios, Aukštadvario ir kt. piliakalnių, Trakų pilies, taip pat Vilniaus miesto ir kitų vietovių zooarcheologinę medžiagą, Kriemalos kapinyne palaidotus viduramžių arklius. Kalju Paaverio zooarcheologinių tyrimų ataskaitos paruoštos išsamiai ir itin kruopščiai. Tyrėjas vadovavosi Vakarų Europoje naudotais tyrimų metodus, kas to meto Sovietinėse šalyse buvo retas atvejis; taip pat buvo susipažinęs su zooarcheologinių tyrimų specifika, o tyrimų ataskaitose ir publikacijose tyrėjo pateikiamos įžvalgos (pvz., apie retai randamus kačių kaulus ir priešingai – Lietuvoje gausias stumbrų liekanas) išlieka įdomios bei vertingos ir šiais laikais. Deja, lietuvišką medžiagą jis tyrė tik apie 10 metų, o jo tyrinėtų gyvenviečių faunos liekanos neišlikę.
Septintajame dešimtmetyje tyrinėtų Lietuvos piliakalnių faunos liekanas aštuntojo dešimtmečio pradžioje pradėjo tirti dar vienas nevietinis tyrėjas – į Vilnių atvažiuodavusi Maskvos archeologijos instituto biologijos mokslų kandidatė Valentina Danilčenko. 1973 m. pasirodė jos parengtas „Tyrinėtų Lietuvos piliakalnių ir gyvenviečių osteologinės medžiagos sąrašas“, kuriame paskelbti autorės tirtų įvairių gyvenviečių ir piliakalnių gyvūnų kaulų analizės rezultatai. V. Danilčenko iki pat 1990 m. tyrė įvairiuose piliakalniuose (Bražuolės, Bradeliškių, Imbarės, Maišiagalos, Narkūnų, Kumelionių ir kt.), Kernavėje, Vilniaus Žemutinėje pilyje, Donkalnio, Šventosios akmens amžiaus gyvenvietėse rastus gyvūnų kaulus. Itin įdomi jos tyrinėto Maišiagalos piliakalnio zooarcheologinė medžiaga, kur, be pavienių kaulų, buvo atkasti 12 gyvulių (daugiausia avių) skeletai. Gyvuliai žuvo XIV a. II p. Vokiečių ordinui sudeginus čia stovėjusią pilį.
Be jau minėtų tyrėjų, keleto akmens amžiaus zooarcheologinės medžiagos tyrimus yra atlikęs Vilniaus universiteto docentas zoologas Augustinas Mačionis bei archeologas Darius Duoba. Nuo XX a. paskutiniojo dešimtmečio zooarcheologinės medžiagos tyrimus ėmėsi vykdyti veterinaro išsilavinimą turintis ir ilgą laiką Lietuvos veterinarijos akademijoje) dirbęs prof. Linas Daugnora. Jis visą savo kaip zooarcheologo karjerą dirbo kartu su archeologu Algirdu Girininku, kartu jie parašė ne vieną monografiją ir publikaciją, aptariančią priešistorinę laukinę fauną, naminių gyvulių atsiradimą ir paplitimą. Monografijose trumpai aptarta įvairių akmens amžiaus gyvenviečių bei piliakalnių zooarcheologinė medžiaga, iš originalių ataskaitų publikuoti ankstesnių V. Danilčenko ir kitų mokslininkų tyrimų rezultatai. Tačiau tenka pastebėti, kad daugeliu atvejų autorių pateikiami duomenys ir iš jų daromos išvados yra nepatikimos. Viena svarbiausių to priežasčių – daugelio minėtų paminklų kaulų kolekcijas sudaro maišyta įvairių laikotarpių medžiaga, kuri tyrimus vykdžiusių archeologų arba pačių faunos tyrėjų buvo priskirta akmens (gyvenviečių atveju) ar bronzos amžiui (daugiausiai piliakalnių atveju). Kadangi vienas svarbiausių autorių gvildentų klausimų buvo gyvulininkystės pradžia mūsų krašte, tad jų pateiktos išvados, pagrįstos ne tiktai akmens, tačiau ir vėlyvojo bronzos, geležies ir net viduramžių faunos liekanomis yra nepagrįstos. Vistik jos bei ilgą laiką formavo Lietuvos neolitizacijos teoriją. L. Daugnora yra ir publikacijų apie Lietuvoje rastų mamutų, šiaurės elnių liekanas, viduramžių mitybos ir kitus klausimus bendraautorius, pradėjęs publikuoti lietuviškos zooarcheologinės medžiagos tyrimų rezultatus tarptautiniuose žurnaluose. Apskritai XX a. paskutiniame dešimtmetyje jis ir pradėjo populiarinti Lietuvoje iki tol beveik negirdėtą zooarcheologiją. Jo pastangomis zooarcheologijos kursas (paleozoologijos vardu) prieš gerus 15 metų pradėtas dėstyti Vilniaus universiteto archeologijos specialybės studentams. Nuo 2003 m. zooarcheologijos srityje dirba ir šio darbo autorė, o nuo 2020 m. į zooarcheologų pasaulį bando įsilieti ir dvi Vilniaus universiteto doktorantės
Lietuvoje surasta apie 2000 žirgų kapų, datuojamų II-XIV a. Žirgai laidoti ir kartu su žmonėmis, ir atskiruose kapinynuose, kai kuriuose jų (pvz. Marvelė) palaidota iki 400 individų, dauguma didžiųjų žirgų kapinynų rasti vidurio Lietuvoje. Kėlusios didesnį susidomėjimą nei kita zooarcheologinė medžiaga, žirgų liekanos sulaukė gerokai didesnio tyrėjų dėmesio, jų skeletai būdavo vienaip ar kitaip tiriami daugumos žirgų palaidojimus aptikusių archeologų. Žirgų liekanas paprastai tirdavo su archeologija nesusiję ir kitų gyvūnų liekanų netyrinėjantys Lietuvos veterinarijos akademijoje dirbę veterinarai. Prof. Konradas Aleksa tyrė prieškariu tyrinėto Veršvų kapinyno, kuriame rasta apie 200 arklių kapų, arklių liekanas. Autorius minėjo esą čia laidoti vien jauni eržilai. Jis taip pat tyrė Kapitoniškių ir Kriemalos kapinynų žirgus konstatuodamas arklių ūgį, lytį ir sudėjimą, jau minėtas K. Paaver, ištyrė ir išsamiai, nurodydamas tyrimų metodiką, aprašė Kriemalos kapinyne rastų 23 arklių amžių, ūgį, lytį. Be jo, 1968-1976 m. arklių skeletus tyrė LVA dirbę dr. V. Barauskas ir dr. B. Balčiūnas. Jie atliko Tautų kraustymosi periodo arklių iš garsiojo Taurapilio pilkapyno tyrimus – jauni žirgai čia palaidotų su itin turtingais kariais, kurių kapuose gausu nevietinės kilmės įkapių. Šie tyrėjai taip pat atliko vėlyvesnių Nendrinių, Degsnės–Labotiškių pilkapynų, Pakalniškių kapinyno ir kt. laidojimo vietovių žirgų tyrimus, tačiau jų ataskaitose tik lakoniškai įvardinama arklių lytis ir ūgis. Didžiausia tyrėjų problema – neaiški arklių ūgio ir amžiaus nustatymo metodika, kas neleidžia patikimai naudoti tyrimų rezultatų. XX a. pabaigoje žirgų tyrimus vykdė ir L. Daugnora, o tyrimų rezultatai aptarti keliose publikacijose. Atskirai aptartos piliakalniuose, miestuose ir pilyse rastos arklių liekanos.
Beveik visi minėti autoriai netyrė paukščių ir žuvų kaulų, kurių akmens amžiaus gyvenvietėse kartais buvo randama net ir kasant rankiniu būdu. Tiesa, iki pat pastarųjų metų detaliau tirtos buvo tiktai žuvų liekanos iš Šventosios subneolito ir neolito gyvenviečių. Čia rastus žuvų kaulus, XX a. 7-8 dešimtmetyje tyrė latvis ichtiologas Janis Sloka. Vėliau Šventojoje randami žuvų kaulai buvo tiriami Lino Daugnoros kartu su Norvegijos mokslininkais, o Netiesų atodangoje aptiktas vėlyvojo pleistoceno laikotarpio žuvų liekanas tyrė dr. Ulrich Schmölcke iš Baltijos ir Skandinavijos archeologijos centro. Pastaruosius 5 m. žuvų tyrimus atlieka ir Giedrė Piličiauskienė. Tiesa, žuvų kaulų vis dar surenkama labai mažai, nes dauguma tyrimų vykdomi nenaudojant sijojimo. Per keletą pastarųjų metų atlikti Vilniaus žemutinės, Klaipėdos pilies ir Šventosios akmens amžiaus gyvenviečių žuvų kaulų tyrimai suteikė itin vertingos informacijos apie žuvis ir žvejybą Lietuvoje priešistoriniais ir istoriniais laikas. Sijojimo būdu surinktų kaulų tyrimai leidžia keisti iki šiol nusistovėjusius stereotipus apie praeityje žvejotas išskirtinai dideles žuvis.
Paukščių kaulų tyrimai ilgą laika problema buvo ne tiktai Lietuvoje, tačiau ir gerokai solidesnes zooarcheologinių tyrimų tradicijas turinčioje Estijoje. Paukščiai iš gausios lietuviškos zooarcheologinės kolekcijos vis dar nėra ištirti. Tyrėjo, besispecializuojančio archeologinių paukščių tyrimuose Lietuvoje, iki šiol nebuvo, todėl paukščių kaulai tirti tiktai retais atvejais. XX a. pabaigoje jais trumpam buvo susidomėjusi Lietuvos veterinarijos akademijos magistrė Rasa Bilskienė. Pastaraisiais metais archeologinių paukščių tyrimais užsiimdavo ornitologas Saulius Rumbutis iš Kauno T. Ivanausko zoologijos muziejaus, atlikęs ir didžiausios iki šiol Lietuvoje paukščių kaulų kolekcijos iš Vilniaus žemutinės pilies tyrimus, o prireikus tradiciškai pagelbėdavo Estijos tyrėjai. Tikėtina, kad situacija šioje srityje netrukus pasikeis atsiradus jauniesiems tyrėjams.
XX a. paskutiniojo dešimtmečio pradžioje L. Daugnoros iniciatyva buvo įsteigta zooarcheologinės kolekcijos saugykla Lietuvos veterinarijos akademijoje. Vertinant Lietuvoje susiklosčiusias tyrimų tradicijas, tai buvo suprantamas ir pažangus sprendimas. Įsteigus saugyklą, po truputį sklindant informacijai apie faunos tyrimus, vis daugiau gyvūnų kaulų imta vežti į LVA, juolab, kad čia dirbęs L. Daugnora vienintelis Lietuvoje vykdė tokio pobūdžio tyrimus. Deja, zooarcheologinė kolekcija čia nebuvo tinkamai tvarkoma ir prižiūrima ir ilgainiui tapo neprieinama tyrėjams. Dalis jos buvo pervežta į Klaipėdos universitetą čia apie 2012 m. perėjus dirbti L. Daugnorai. 2016 m. Kultūros ministerija nusprendė LVA tebelaikomą apleistos kolekcijos dalį perduoti Vilniaus universitetui. Taip 2016 m. pavasarį zooarcheologinės kolekcijos likutis – daugiausiai XXI a. pr. miestuose surinkti naujųjų laikų gyvūnų kaulai, buvo pervežti į Vilniaus universiteto Bioarcheologijos tyrimų centro Zooarcheologijos laboratoriją. Kiek anksčiau milžinišką, apie 100 000 vnt. Vilniaus žemutinės pilies faunos kolekciją iš buvusios LVA saugyklos jau buvo susigrąžinęs ir Nacionalinis muziejus Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės valdovų rūmai.
Tvarkant parsivežtą kolekciją, buvo atrasti LVA specialistų tirti žirgų skeletai iš tokių vertingų laidojimo paminklų kaip Taurapilis, Plinkaigalis ir Pagrybys. Deja, kolekcijos perėmimo metu buvo pastebėta, kad yra dingusi bene vertingiausiai jos dalis – iš LNM čia pervežti gyvūnų kaulai. Kaip nurodo LNM priėmimo – perdavimo aktai, pasirašyti 1995 m., 1997 m. ir 2003 m., iki 1995-ųjų LNM sukaupta zooarcheologinė kolekcija, kurią sudarė daugiausia akmens ir bronzos amžiau gyvenviečių bei piliakalnių faunos liekanos (iš viso 125 kaulų dėžės iš 44 vietovių), laikino deponavimo metu buvo perduota dr. Linui Daugnorai saugoti Lietuvos veterinarijos akademijos saugykloje. Paskutinį kartą čia šie radiniai matyti 2015 m. pabaigoje, iš saugyklos išvežant Vilniaus žemutinės pilies gyvūnų kaulų kolekciją. Tenka konstatuoti, kad tai didžiausia Lietuvos bioarcheologinio paveldo netektis. Tačiau norisi tikėtis, kad ateityje ši kolekcija vis tik atsiras.
Šiuo metu didžiausia Lietuvoje zooarcheologinės medžiagos kolekcija yra saugoma Vilniaus universitete. Be šios saugyklos, gyvūnų kaulų kolekcijos yra dar keliose institucijose. Vilniaus pilių teritorijoje surastų kaulų kolekcija saugoma jau minėto Valdovų rūmų muziejaus (toliau – NM LDK VR).) fonduose, dalis LVA buvusios kolekcijos saugoma Klaipėdos universiteto Baltijos regiono Istorijos ir archeologijos institute. Lietuvos nacionaliniame muziejuje saugoma dalis Šventosios akmens amžiaus gyvenviečių kolekcijos, kurią pavyko atgauti 2017 m.
