Vilniaus universiteto zooarcheologinė kolekcija susiformavo iš dviejų šaltinių. Didžiąją jos dalį sudaro nuo XX a. paskutiniojo dešimtmečio Lietuvos veterinarijos akademijoje pradėti kaupti gyvūnų kaulai. Į Vilnių jie buvo pervežti iš Lietuvos veterinarijos akademijos, kur sistemingai kaupti nuo XX a. paskutiniojo dešimtmečio. Kolekcija perduota Vilniaus universitetui 2016 m. pavasarį, po to, kuomet Kultūros ministerija nusprendė apleistą ir išblaškytą zooarcheologinę kolekciją perduoti saugoti Vilniaus universitetui. Čia rekomenduota saugoti visas Lietuvoje randamas archeologines faunos liekanas. Pervežta buvo tiktai dalis anksčiau Akademijoje saugotų kaulų. Kitą Vilniuje saugomos kolekcijos dalį sudaro nuo 2008 m. dr. G. Piličiauskienės tirta ir iki 2016 m. saugota zooarcheologinė medžiaga. Sujungus šias dvi kolekcijos dalis, ji tapo didžiausia Lietuvoje.
Atlikus zooarcheologinės medžiagos inventorizaciją paaiškėjo, kad apie 2 000 kg gyvūnų kaulų toliau saugoti neverta; pastarieji neturėjo metrikų, buvo susimaišę su įvairių vietovių kaulais ar faunos liekanos iš maišytų paviršinių sluoksnių su labai įvairių laikotarpių, taip pat ir XX a., radiniais. Suinventorinus zooarcheologinę kolekciją paaiškėjo, kad universiteto saugykloje yra saugoma apie 6 000 kg gyvūnų liekanų, datuojamų nuo vėlyvojo mezolito iki XX a. šeštojo dešimtmečio: „šviežiausi“ kolekcijos radiniai – Lietuvos partizanų bunkeriuose rasti gyvulių kaulai. Kolekcija nuolat pildosi, tad šie skaičiai yra kintantys.
Vilniaus universiteto Zooarcheologijos laboratorijoje turima tyrimų bazė – palyginamoji kolekcija, tyrimams skirtos patalpos puikiai tinka vykdomiems klasikiniams zooarcheologiniams tyrimams. Zooarcheologijos pagrindai dėstomi archeologijos specialybės studentams, todėl tikėtina, jog faunos liekanų atžvilgiu vis dažniau bus taikoma tinkama archeologinių tyrimų metodika, o gyvūnų kaulų tyrimų reikalingumas nebekels abejonių
